Son equipos interfuncionales que tienen una responsabilidad directa de contribuir a que la E.S.E preste servicios con calidad y establezcan acciones concretas para garantizarla; su funcionamiento afecta a la institución en general y a los usuarios.
Las actividades que desarrollan los comités están orientadas a alcanzar el cumplimiento de la finalidad para lo cual han sido creados y tienen claramente definidos sus objetivos y metas de cumplimiento. Los comités con que cuenta la E.S.E Hospital Santa Margarita son:
1. Comité de Gerencia
2. COPASO
3. Comité de Historias Clínicas
4. Comité de Farmacia y Terapéutica
5. Comité de Vigilancia en Salud Pública (COVE + IIH)
6. Comité de Ética
7. Comité de Emergencias
8. Comité de Bienestar Social e incentivos laborales
9. Comité de Compras
10. Comité de PYP
11. Comité de seguridad del paciente
12. Comité de calidad – MECI
13. Grupo de Trabajo del Sistema Integral de Información en Salud SIIS
14. Comité de Control Interno Disciplinario
15. Comité Coordinador de Control Interno
